Das Aufeinandertreffen verschiedenster Religionen, Religionsströmungen oder Weltanschauungen verlief nicht nur friedlich, sondern teilweise sehr konfliktreich. Unter den Christenverfolgungen von Septimus Severus im Jahre 201/202 wurden aus Ägypten und aus der Thebais Christen nach Alexandria gebracht und gefoltert. Schwere Verfolgungen gab es unter dem Kaiser Decius (249-251) im ganzen römischen Reich. Ab 300 begannen unter Diokletian dann wohl die größten Verfolgungen, die sich in der ägyptischen Kirche so stark eingebrannt haben, daß man die neue Zeitrechnung ab Diokletian "Märtyrerära" nannte. Diese Verfolgungen von staatlicher Seite liefen so grausam ab, weil das Christentum einerseits nicht offizielle Staatsreligon war und andererseits die Ehrerbietung vor dem Staatskult, speziell das Kaiseropfer, verweigerte. Es gab unter Decius sogar Freischeine (libelli), mit denen jemand bekunden mußte oder konnte, daß er das Kaiseropfer vollzogen hatte.

Das Christentum wurde unter Konstantin dem Großen immer stärker zur privilegierten Religion. Im Jahr 311 gab es bereits ein Toleranzedikt, das die christliche Religion erlaubte. Die christliche Kirche bildete nun ihrerseits einen Machtfaktor. Gerade die Metropole Alexandria, in der sich verschiedenste Völkerschaften und Religionen trafen, wurde Schauplatz vieler Auseinandersetzungen. 391 wurde in Alexandria das Serapeum, Tempel des genannten Gottes Serapis, durch Bischof Theophilus zerstört. 415 wurde die neuplatonische Philosophin und Mathematikerin Hypatia vom christlichen Pöbel aus ihrer Kutsche gezerrt und auf offener Straße bestialisch ermordet. Der Patriarch Kyrillos, der auch für viele Judenverfolgungen in Alexandria verantwortlich war, wurde verdächtigt, seine Finger im Spiel gehabt zu haben. Die Auseinandersetzungen brachten für alle Seiten viele Einzelschicksale und Tragödien.